健康保険組合などから支払われる高額療養費や生命保険契約などの特約により支払われる入院費給付金などを受け取っている場合は、その金額を支払った医療費から差し引かなければなりません。
 なお、医療費を補てんする金額が確定申告書の提出までに確定していない場合は、その補てんされる金額の見込額を支払った医療費から差し引きます。

（注）入院に係る費用を補てんする入院給付金の額は、その給付の目的となった入院に係る医療費の額から差し引くことになっており、引ききれない金額が生じた場合であっても、他の医療費の額から差し引く必要はありません。

出典：国税庁ホームページを加工して作成